水培是在環境相對可控的條件下進行的，其作物生長的營養供應以及各種環境因子可以做到相對精準的調控，因此水培蔬菜的產量和品質都是傳統土壤栽培無法比擬的，縱觀水培蔬菜的發展歷程及目前種植蔬菜品種的不同以及最終的經濟效益的差別， 與傳統土壤栽培、基質栽培相比，其主要的優缺點如下：
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優點：
一、產量高水培蔬菜通過營養液為根系直接提供營養和水分，因此蔬菜的營養供應更加充足、均衡和迅速，采用這種方式種植的蔬菜，在產量上要比傳統土壤栽培或基質栽培的高幾倍甚至是十幾倍。
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二、品質好因為是采用營養液來進行蔬菜的種植， 其營養供給均衡，并且可以根據蔬菜種類和生長階段的不同來進行營養供應的精準控制，而且是在溫室大棚等保護性設施條件下進行的，不易受到類似露地栽培那樣不利于生長的條件的干擾和影響，植株體內不會過多地積累為抵御干旱、淹水、染病、蟲咬和營養不平衡等脅迫而產生的次生代謝物。所以水培蔬菜的口感更好，內在品質更佳。
三、易于自動化控制由于水培設施采用營養液作為提供植物根系生長的根際條件，其營養水平易通過自動控制設備進行精確控制，只需增加各種檢測探頭和相應的控制設備即可實現生產過程的自動化控制。
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四、設施設備管理簡單
水培設施設備采用管道或者各種可以盛裝營養液的種植槽等來進行種植，其設備相對簡單，只要將設施設備建設好，就可以對作物種植進行良好管理，而且水培的設施設備耐用，管理上較為方便。
缺點：
一、 投資較大
相對于傳統的土壤栽培或者是基質栽培，因為水培的設施設備投資較大，造成了整個規模化水培蔬菜生產基地的投資較大，這是目前規模化水培蔬菜發展的一個瓶頸。但是，隨著各種簡化、耐用、低成本設施的研發，投資較大的問題也可以得到一定程度上的解決。
二、有可能出現病害的大量傳播
水培蔬菜的營養液是循環流動的， 如果種植系統中出現病害， 特別是根系病害時， 有可能出現病害的大范圍傳播。因此做好生產用水、育苗基質的消毒、營養液和設施設備的消毒非常重要。
三、技術要求較高
水培蔬菜是在營養液中進行的， 它沒有傳統土壤栽培中土壤的緩沖性， 因此對營養液濃度、各營養物質比例、酸堿度以及溫度等條件的控制就需更加嚴格。因此，在管理和控制的技術上要求更高。